जब अहमदशाह अब्दाली ने मथुरा पर आक्रमण किया तो भरतपुर के महाराजा सूरजमल जाट ने राजकुमार जवाहरसिंह को 10 हजार जाट सैनिकों के साथ मथुरा की रक्षा करने भेजा। ये जाट वीर भगवान श्रीकृष्ण की जन्मस्थली की रक्षा करते हुए न्यौछावर हुए। महाराजा सूरजमल की बुद्धिमानी से अहमदशाह अब्दाली भरतपुर राज्य में लूट नहीं कर सका।
जिस समय जोधपुर, जयपुर, मेवाड़ और बीकानेर आपस में संघर्षरत थे तथा मराठों और पिण्डारियों का शिकार बन रहे थे उस समय जैसलमेर का भाटी राज्य भयानक आंतरिक कलह में उलझा हुआ था। मरुस्थलीय एवं अनुपजाऊ क्षेत्र में स्थित होने के कारण मराठों और पिण्डारियों को इस राज्य में कोई रुचि नहीं थी। इस काल में एक ओर राज्य के दीवान और सामंतों के मध्य शक्ति परीक्षण चल रहा था तो दूसरी ओर जैसलमेर के शासक मूलराज (द्वितीय) का अपने ही पुत्र रायसिंह से वैर बंध गया था।
महारावल मूलराज ने माहेश्वरी जाति के टावरी गोत्र के मेहता स्वरूपसिंह को अपना दीवान नियुक्त किया। मेहता स्वरूपसिंह कुशाग्र बुद्धि वाला एवं चतुर मंत्री था। महारावल ने राज्य का सारा काम उसके भरोसे छोड़ दिया। उस काल में जैसलमेर राज्य में आय के साधन इतनी सीमित थे कि राज्य के सामंत अपने ही राज्य के दूसरे सामंत के क्षेत्र में लूटपाट करते थे।
जब मेहता स्वरूपसिंह ने सामंतों को ऐसा करने से रोकने का प्रयास किया तो सामंत उसके प्राणों के शत्रु बन गए। सामंतों ने महारावल मूलराज से दीवान स्वरूपसिंह के विरुद्ध शिकायत की किंतु महारवाल ने दीवान के विरुद्ध कोई भी शिकायत सुनने से मना कर दिया। इस पर सामंतों ने महारावल के पुत्र राजकुमार रायसिंह को स्वरूपसिंह के विरुद्ध षड़यंत्र में शामिल कर लिया। दीवान स्वरूपसिंह एक वेश्या पर आसक्त था परन्तु वह वेश्या सामंत सरदारसिंह पर आसक्त थी। इससे स्वरूपसिंह खिन्न रहता था।
दीवान ने अपनी खीझ निकालने के लिए ठाकुर सरदारसिंह को बहुत तंग किया। सरदारसिंह ने युवराज रायसिंह से स्वरूपसिंह की शिकायत की। रायसिंह पहले से ही स्वरूपसिंह से रुष्ट था क्योंकि स्वरूपसिंह ने युवराज का दैनिक भत्ता कम कर दिया था। युवराज को दीवान से रुष्ट जानकर, दीवान से असंतुष्ट सामंत, युवराज रायसिंह की शरण में आ गए तथा स्वरूपसिंह को पद से हटाने का प्रयास करने लगे।
10 जनवरी 1784 को युवराज रायसिंह ने भरे दरबार में दीवान स्वरूपसिंह का सिर काट डाला। अपने पुत्र का यह दुःसाहस देखकर महारावल रायसिंह दरबार छोड़कर भाग खड़ा हुआ और रनिवास में जाकर छुप गया। महारावल को इस प्रकार भयभीत देखकर सामंतों ने रायसिंह को सलाह दी कि वह महारावल की भी हत्या कर दे और स्वयं जैसलमेर के सिंहासन पर बैठ जाए।
युवराज ने अपने पिता की हत्या करना उचित नहीं समझा किंतु सामंतों के दबाव में उसने महारावल को अंतःपुर में बंदी बनाकर राज्यकार्य अपने हाथ में ले लिया। अपने पिता के प्रति आदर भाव होने के कारण युवराज स्वयं राजगद्दी पर नहीं बैठा। लगभग तीन माह तक महारावल रनिवास में बंदी की तरह रहा।
एक दिन अवसर पाकर महारावल के विश्वस्त सामंतों ने अंतःपुर पर आक्रमण कर दिया तथा महारावल मूलराज को मुक्त करवा लिया। महारावल को उसी समय फिर से राजगद्दी पर बैठा दिया गया। उस समय युवराज रायसिंह अपने महल में विश्राम कर रहा था। जब महारावल का दूत युवराज के राज्य से निष्कासन का पत्र लेकर युवराज के पास पहुँचा तो युवराज को स्थिति के पलट जाने का ज्ञान हुआ।
महारावल ने क्षत्रिय परम्परा के अनुसार राज्य से निष्कासित किए जाने वाले युवराज के लिए काले कपड़े, काली पगड़ी, काली म्यान, काली ढाल तथा काला घोड़ा भी भिजवाया। युवराज ने अपने पिता की आज्ञा को शिरोधार्य किया तथा काला वेश धारण कर अपने साथियों सहित चुपचाप राज्य से निकल गया। उसने जोधपुर के महाराजा विजयसिंह के यहाँ शरण प्राप्त की।
महारावल मूलराज ने फिर से राजगद्दी पर बैठकर पूर्व दीवान स्वरूपसिंह के 11 वर्षीय पुत्र सालिमसिंह को राज्य का दीवान बनाया। मेहता सालिमसिंह ने कुछ समय तक बड़ी शांति से राज्य कार्य का संचालन किया। जैसलमेर के इतिहास में मेहता सालिमसिंह का बड़ा नाम है। जैसे ही सालिमसिंह वयस्क हुआ, उसके और सामंत जोरावरसिंह के बीच शक्ति परीक्षण होने लगा।
जोरावरसिंह ने ही महारावल को अंतःपुर से मुक्त करवाकर फिर से राजगद्दी पर बैठाया था किंतु सालिमसिंह ने महारावल से कहकर जोरावरसिंह को राज्य से निष्कासित करवा दिया। जोरावरसिंह महारावल से निराश होकर युवराज रायसिंह के पास चला गया।
जैसलमेर को अंतर्कलह में फंसा हुआ जानकर ई.1783 में बीकानेर के राजा ने जैसलमेर राज्य के पूगल पर अधिकार करके अपने राज्य में मिला लिया।
उन दिनों मारवाड़ राज्य में भी शासनाधिकार को लेकर कलह मचा हुआ था। महाराजा विजयसिंह अपने पौत्र मानसिंह को अपना उत्तराधिकारी बनाना चाहता था किंतु विजयसिंह का दूसरा पौत्र भीमसिंह पोकरण ठाकुर सवाईसिंह के साथ मिलकर राज्य हड़पने का षड़यंत्र कर रहा था। राजकुमार भीमसिंह को जोधपुर राज्य छोड़कर जैसलमेर में शरण लेनी पड़ी।
इस दौरान जैसलमेर के महारावल मूलराज तथा जोधपुर के राजकुमार भीमसिंह के मध्य एक संधि हुई तथा महारावल ने युवराज रायसिंह की पुत्री का विवाह राजकुमार भीमसिंह के साथ कर दिया।
कुछ समय बाद परिस्थितियों ने पलटा खाया तथा महाराजा विजयसिंह की मृत्यु होने पर भीमसिंह जोधपुर का राजा बना। स्वर्गीय महाराजा के चहेते पौत्र मानसिंह को जोधपुर से भागकर जालोर के किले में शरण लेनी पड़ी। जब भीमसिंह जोधपुर का राजा बना तो जैसलमेर के युवराज रायसिंह के लिए जोधपुर में रहना कठिन हो गया। वह अपने पिता से क्षमायाचना करने के लिए जैसलमेर राज्य में लौट आया। ठाकुर जोरावरसिंह तथा उसके अन्य साथी भी जैलसमेर आ चुके थे।
महारावल ने युवराज के समस्त साथियों तथा ठाकुर जोरावरसिंह को तो क्षमा कर दिया किंतु युवराज रायसिंह को क्षमा नहीं कर सका और उसे देवा के दुर्ग में नजरबंद कर दिया। रायसिंह के दो पुत्र अभयसिंह और धोकलसिंह बाड़मेर में थे। महारावल ने उन्हें कई बार बुलाया किंतु सामंतों ने, महाराव के भय से राजकुमारों को समर्पित नहीं किया।
महारावल ने रुष्ट होकर बाड़मेर को घेर लिया। 6 माह की घेरेबंदी के बाद सामंतों ने इस शर्त पर दोनों राजकुमारों को महारावल को सौंप दिया कि राजकुमारों के प्राण नहीं लिये जाएंगे। महारावल ने जोरावरसिंह से दोनों राजकुमारों के प्राणों की सुरक्षा की गारण्टी दिलवाई।
दीवान सालिमसिंह के दबाव पर महारावल मूलराज ने युवराज रायसिंह के दोनों पुत्रों को रायसिंह के साथ ही देवा के दुर्ग में नजरबंद कर दिया। सालिमसिंह अपने पिता की हत्या करने वालों से बदला लेना चाहता था किंतु ठाकुर जोरावरसिंह उन सब सामंतों को महारावल से माफी दिलवाकर फिर से राज्य में लौटा लाया था। इसलिए सालिमसिंह ने जोरावरसिंह को जहर देकर उसकी हत्या करवा दी।
कुछ ही दिनों बाद मेहता सालिमसिंह ने जोरावरसिंह के छोटे भाई खेतसी की भी हत्या करवा दी। सालिमसिंह का प्रतिशोध अब भी समाप्त नहीं हुआ। उसने कुछ दिन बाद देवा के दुर्ग में आग लगवा दी जिसमें युवराज रायसिंह तथा उसकी रानी जलकर मर गए। रायसिंह के दोनों पुत्र अभयसिंह तथा धोकलसिंह इस आग में जीवित बच गए। उन्हें रामगढ़ में लाकर बंद किया गया। कुछ समय बाद वहीं पर उन दोनों की हत्या कर दी गई।
जब राजपूताना मराठों और पिण्डारियों से त्रस्त था और अंग्रेज बंगाल की ओर से चलकर राजपूताने की ओर बढ़े चले आ रहे थे, जैसलमेर का राज्य अपनी ही कलह से नष्ट हुआ जा रहा था। बीकानेर का राजा, जैसलमेर राज्य के पूगल क्षेत्र को हड़प गया था तो जोधपुर राज्य ने उसके शिव, कोटड़ा एवं दीनगढ़ को डकार लिया था। जब प्रतिशोध की ज्वाला में धधक रहे दीवान सालिमसिंह ने जैसलमेर के तीन राजकुमारों की हत्या कर दी तो महारावल मूलराज की आंखें खुलीं। उसने दीवान सालिमसिंह तथा अपने पड़ौसी राज्यों के अत्याचारों से घबरा कर अंग्रेज बहादुर से दोस्ती गांठने का मन बनाया।
